2020年南昌大学开展医学教育管理体制改革，决定将基础医学实验教学中心划归基础医学院管理。为了提高基础医学实验教学的运行效率，促进整合性实验改革、减少重复建设，基础医学院于2021年10月对基础医学实验教学中心进行了结构优化，打破了教研室界限，根据学科门类将原先9个实验教学单位重构为6个分中心。学院聘任了6位教授/副教授担任分中心主任，提高了管理效率，加强了教学改革和学科规划。

基础医学实验中心占地面积8000余平方米，中心承担了临床医学（含卓越临床班、创新医学班、中英班、留学生）、麻醉、影像、口腔、检验、预防、儿科、基础医学等五年制，护理、药学、康复、医检、眼视光技术及智能医学工程等四年制专业32门本科医学类实验课程；中心开设各类实验项目共计389项，年均承担实验教学任务756964人时数。

中心重视人才队伍建设，目前有各类专职实验人员33名，其中合同制实验人员4名；具有高级职称人员10人，具有中级职称人员13名，具有博士学位人员6名。职称和学缘结构趋向合理。

中心坚持立德树人，以培养德高医精医学人才为目标，强化学生实验技能和创新创业思维，推动实验课程改革和中心软硬件建设，不断提高育人质量。中心推进实验项目改革，将验证性实验逐步改为综合性、设计性和整合性实验，并注重科研转化教学。中心逐步完善了解剖学等五大基础医学虚拟仿真模块的线上资源建设，原医学实验教学中心获得国家级虚拟仿真实验中心。为了推进学生创新思维和提高实验技能，中心组织常态化举办生物化学与分子生物学实验创新技能竞赛、免疫学知识竞赛、解剖学绘图大赛和形态学绘图竞赛，有效地提升了医学本科教育质量。